为阻止第三次冲击的发生，真嗣前去追击渚薰，而渚薰来到“亚当”面前，才发现那原来是“莉莉丝”，于是他终于明白一切，决定死在真嗣的手里……另一方面，SEELE派遣战略自卫队展开了武力攻击，包括真嗣在内的EVA驾驶员们，生命受到重大威胁！

绫波零是EVA零号机的专属驾驶员。她在真嗣调来第三新东京市的三周前的零号机启动实验中，因事故受伤。在学校，她无口无心无表情的性格使得没有人与她交往。但真嗣却见到她微笑着与自己父亲源度交谈，于是对零产生了兴趣。 第五使徒袭来，刚被发射出的初号机就遭到了高热加粒子炮的攻击……

第五适任者——渚薰出现在沮丧的真嗣面前，但真嗣总觉得他给人的感觉和凌波零是一样的。使徒来袭，这次的使徒竟然对明日香进行精神攻击！虽然零使用“朗基努斯之枪”消灭了使徒，但明日香的心灵已经崩溃……

EVA三号机的测试驾驶员——第四适任者决定由真嗣的朋友铃原冬二来担任，而条件是治疗他妹妹的病。但是，在启动试验开始时却出现了状况，真嗣他们被命令紧急出动，然而攻击的目标竟然是冬二的三号机！

在戰略自衛隊攻擊NERV本部時，真嗣因為內心的傷痛而無法行動，而且就在本部遭到戰略自衛隊包圍，真嗣面臨生死存亡的千鈞一髮之際，真嗣的父親源堂挺身而出解救了真嗣。而在這時候得知了源堂心中的想法，其想法到底是……

西元2000年發生了一場被稱為第二次衝擊的前所未有的大浩劫，南極落下一顆大質量的隕石，造成海平面上升、天災四起、經濟崩壞、民族紛爭、內戰……地球上的人口由五十餘億銳減為二十餘億﹔西元2015年在全球復興之際，人類漸漸從毀滅中站起來但新的危機又來了！來路不明的「使徒」，一種巨大的戰鬥兵器群大舉來襲，為了對抗他們，人類開發了「汎用人形決戰兵器EVANGELION」。西元2015年，初號機開發完成，在此也選出3位少男少女做為「EVANGELION」的駕駛員，人類未來的希望就落在這三個人的身上，故事也就從此刻開始…由於版權移轉，台灣角川將重新發行本作的中文版第1-6集。

明日香驾驶的二号机和真嗣驾驶的初号机拼死对抗Seele和EVA系列。就在这时，此前飞出外太空的“朗基努斯之枪”正从月球高速返回地球，并停在了真嗣的初号机胸前，形成了伟大的“生命之树”形态。另一方面，碇源堂因为体内的“亚当”苏醒，一心想与拥有“莉莉丝”意识的零融合，完成自己成为“神”的夙愿，但却遭到零的拒绝。最终，零走向“莉莉丝”的躯体，并完成融合，使完全形态的“莉莉丝”最终苏醒。“莉莉丝”与“生命之树”相互吸引，人类即将迎来第三次冲击。

新的使徒来袭，真嗣和明日香奉命出击，却因为默契太差而被打得落花流水。为此，美里提出了一套作战方式，要求两人必须住在同一所房子里，从而培养出绝佳的默契。通过培训，真嗣看到了明日香的另一面，也改变了对她的看法！

面对冷漠的父子态度，美里提出要与真嗣同住的要求，并且对真嗣作战的成绩表示赞赏，但真嗣希望这话是出自另一人之口……在没有受过特殊训练的情况下，真嗣与EVA 达成同步并和使徒作战。因为真嗣不熟悉操作，也无实战经验，在遭到使徒的攻击后，为保护同学，冒险作出了一个决定……

因为使徒的攻击，反而让零明白到自己对于真嗣的那份真心。为了阻止使徒袭击初号机，零选择与座机一起自爆！赤木律子被送到SEELE接受审讯，却发现自己不过是代替零去接受审问，内心大受打击，决定背叛碇源堂！

西元2000年發生了一場被稱為第二次衝擊的前所未有的大浩劫，南極落下一顆大質量的隕石，造成海平面上升、天災四起、經濟崩壞、民族紛爭、內戰……地球上的人口由五十餘億銳減為二十餘億﹔西元2015年在全球復興之際，人類漸漸從毀滅中站起來但新的危機又來了！來路不明的「使徒」，一種巨大的戰鬥兵器群大舉來襲，為了對抗他們，人類開發了「汎用人形決戰兵器EVANGELION」。西元2015年，初號機開發完成，在此也選出3位少男少女做為「EVANGELION」的駕駛員，人類未來的希望就落在這三個人的身上，故事也就從此刻開始…由於版權移轉，台灣角川將重新發行本作的中文版第1-6集。

西元2000年發生了一場被稱為第二次衝擊的前所未有的大浩劫，南極落下一顆大質量的隕石，造成海平面上升、天災四起、經濟崩壞、民族紛爭、內戰……地球上的人口由五十餘億銳減為二十餘億﹔西元2015年在全球復興之際，人類漸漸從毀滅中站起來但新的危機又來了！來路不明的「使徒」，一種巨大的戰鬥兵器群大舉來襲，為了對抗他們，人類開發了「汎用人形決戰兵器EVANGELION」。西元2015年，初號機開發完成，在此也選出3位少男少女做為「EVANGELION」的駕駛員，人類未來的希望就落在這三個人的身上，故事也就從此刻開始…由於版權移轉，台灣角川將重新發行本作的中文版第1-6集。

一场毁灭人类的灾难来袭，人类面临最后的危机。几位少年，驾驶着EVA，开始了拯救人类的艰巨任务！ 灾难的真相究竟是什么？ 神作归来，经典巨献！ 这里是你我的绝对领域！

在母亲的忌日，一心一意想要得到父亲认同的真嗣，却因为父亲冷淡的话语，受到了沉重的打击。接着，在击败第七使徒的那一天，真嗣在NERV的基地内，看到了第一使徒“亚当”！人类补完计划这个巨大沉重的计划，将这群不知情的少男少女卷入其中，然后一步步地朝着目标迈进……

創作已經有近10年歷史，卻人氣不墜的「新世紀EVANGELION福音戰士」，一路由動畫紅到漫畫，甚至推出電影，周邊商品也是不斷推出。貞本義行的漫畫版「新世紀EVANGELION福音戰士」可說是補足動畫中沒辦法完全交代的部分。在睽違一年多後終於推出最新刊第11集。 西元2000年發生了一場被稱為第二次衝擊的前所未有的大浩劫，南極落下一顆大質量的隕石，造成海平面上升、天災四起、經濟崩壞、民族紛爭、內戰……地球上的人口由五十餘億銳減為二十餘億﹔西元2015年在全球復興之際，人類漸漸從毀滅中站起來但新的危機又來了！來路不明的「使徒」，一種巨大的戰鬥兵器群大舉來襲，為了對抗他們，人類開發了「汎用人形決戰兵器EVANGELION」。西元2015年，初號機開發完成，在此也選出3位少男少女做為「EVANGELION」的駕駛員，人類未來的希望就落在這三個人的身上，故事也就從此刻開始…… 身為第五適任者的渚薰，終於以最後的使徒身分現身。 真嗣為了不讓人類迎向毀滅而殺死渚薰， 親手扼殺對方的觸感使得真嗣整個人陷入絕望。 然而，此時最後的敵人終於從陰影裡現身。 NERV所必須面對最殘酷的敵人並不是使徒，而是人類……

未知的年代，神给世人以天罚——第一次浩劫（First Impact），七日七夜的洪水中只有两个人乘诺亚方舟活了下来。 1999年，冬月与碇唯在京都大学相识。不久之后，六分仪源堂和冬月相识。当时源堂和唯已经在交往中。源堂一边接近唯，同时也一边接触她背后的组织Seele。 2000年9月13日，第二次浩劫（Second Impact）发生。在南极大陆上发生了一起给地球带来巨大浩劫的异变，造成海面水位上升、地轴扭曲。如同恐龙灭绝的传说，巨大的陨石撞击地球之后灰尘遮盖天空，造成全球性气温下降。经济崩坏、民族纷争、内战……，世界人口急速减少，只剩下原来的一半。南极，成为了宁静的残亡地域。人类，并未象恐龙那样灭绝，但复兴的工作，却无比严峻。